Центр (КДГГЦ) был создан в 1988 году согласно Приказу Главного управления здравоохранения г. Киева. Сегодня – это современное учреждение, которое предоставляет квалифицированную профилактическую, консультативно-диагностическую и лечебную помощь детям с гастроэнтерологической патологией. Среди его сотрудников - 2 доктора медицинских наук, 10 кандидатов медицинских наук, 5  врачей с высшей квалификационной категорией.

На консультацию в ДГГЦ районными гастроэнтерологами направляются дети от рождения до 18 лет для уточнения диагноза, определения необходимого комплекса обследования и лечения.

Под наблюдением специалистов Центра находится более 14,5 тысяч детей. Это пациенты с наиболее тяжелыми заболеваниями желудочно-кишечного тракта: язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки, эрозивным гастродуоденитом, хроническим гепатитом, язвенным и эрозивным колитом, желчнокаменной болезнью, врожденными ферментопатиями, доброкачественной гипербилирубинемией. Достаточно велико число детей с функциональными нарушениями и сочетанными поражениями желудочно-кишечного тракта и других органов и систем.

Одним из основных принципов работы ДГГЦ является тесное взаимодействие и преемственность в оказании помощи пациентам с гастропатологией на всех этапах: детский сад гастроэнтерологического  профиля – амбулаторное звено – стационар дневного пребывания - стационар – отделения реабилитации - детский гастроэнтерологический санаторий. Благодаря этому,  в последние годы наметилась четкая тенденция к уменьшению частоты формирования тяжелых форм заболеваний органов пищеварения.

В задачи ДГГЦ входит ведение организационно-методической и научной работы: участие в научно-практических семинарах, конференциях, подготовка тематических циклов лекций, проведение клинических разборов тяжелых больных. Действует Школа детских гастроэнтерологов, где ежемесячно ведущими специалистами в области гастроэнтерологии и смежных дисциплин проводятся тематические занятия по наиболее актуальным вопросам патологии желудочно-кишечного тракта у детей.