Высшим руководящим органом Ассоциации является Конгресс, который созывается Правлением Ассоциации не реже одного раза в четыре года. О созыве и программу Конгресса объявляется не позднее, чем за месяц до срока его проведения. Нормы представительства и порядок выборов делегатов на Конгресс устанавливается Правлением Ассоциации.

Основой Ассоциации являются местные представительства Ассоциации, которые в своей деятельности руководствуются Уставом и имеют свои Положения, которые принимаются их высшими руководящими органами и утверждаются Правлением Ассоциации.

Основной целью деятельности Ассоциации является содействие научному и практическому решению современных проблем медицинского обслуживания новорожденных, повышению уровня квалификации и защита социальных, экономических, творческих, культурных и других общих интересов членов Ассоциации.

Основными задачами Ассоциации являются:

• содействие разработке приоритетных направлений развития медицинского обслуживания новорожденных, определению общей политики по этим вопросам, изучение современных достижений в области неонатологии;
• содействие повышению уровня санитарной культуры населения по вопросам охраны здоровья новорожденных;

Для осуществления поставленных задач Ассоциация в установленном порядке может:

• формировать банк данных, расширять контакты и обмен опытом с соответствующими организациями других стран, деятельность которых направлена на охрану здоровья новорожденных;
• выступать участником гражданско-правовых отношений, приобретать имущественные и неимущественные права;
• проводить пропаганду профилактического направления в охране здоровья новорожденных, снижение уровня заболеваемости и смертности новорожденных;представлять и защищать свои законные интересы и законные интересы своих членов (участников) в государственных и общественных органах;
• проводить мероприятия по повышению и контролю знаний и квалификации неонатологов Украины - членов Ассоциации;
• организовать и проводить конкурсы, премирование и другие формы поощрения авторов лучших работ и активистов Ассоциации;организовывать общественное заботу о пенсионерах-неонатологах (по возрасту и инвалидов труда), помогать родильным домам и больницам;
• содействовать развитию и углублению разностороннего международного сотрудничества в области охраны здоровья новорожденных, сотрудничество с международными организациями, учеными и общественными деятелями, в том числе из стран СНГ;
• учреждать средства массовой информации;организовывать командировки членов Ассоциации по Украине и за рубежом, принимать отечественных и зарубежных специалистов для решения вопросов, связанных с деятельностью Ассоциации;
• участвовать в проведении научных исследований и разработке практических рекомендаций по проблемам неонатологии;
• участвовать в проведении общественных экспертиз, клинических испытаниях новых фармпрепаратов, медицинской техники, методов лечения, применяемых в неонатологии;сотрудничать с другими общественными и государственными организациями в Украине и за рубежом, которые занимаются охраной здоровья новорожденных детей;
• создавать хозрасчетные учреждения и организации в качестве юридического лица, учреждать предприятия в установленном законодательством порядке;
• учреждать или вступать в международные общественные (неправительственные) организации, образовывать международные союзы объединений граждан;
• вносить предложения в органы власти и управления по вопросам уставной деятельности Ассоциации;осуществлять другую деятельность, не запрещенную действующим законодательством Украины.