В настоящее время в институте функционирует 7 центров:

• центр по лечению пострадавших с тяжелой механической травмой и шоком, руководитель - заслуженный деятель науки РФ, проф. Ю. Б. Шапот;
• панкреоцентр, руководитель - д. м. н. А. Д. Толстой;
• ожоговый центр, руководитель - проф. К. М. Крылов;
• центр по лечению отравлений, руководитель - проф. Г. А. Ливанов;
• центр по лечению больных инфарктом миокарда, руководитель - проф. А. М. Жирков;
• центр неотложной и оперативной эндоскопии желудочно-кишечного тракта, руководитель – проф. М. И. Кузьмин-Крутецкий;
• центр органного и тканевого донорства, заведующий - О. Н. Резник.

В 2000 г. на базе института открыта кафедра хирургии повреждений МАПО, заведующим которой является директор института, профессор С. Ф. Багненко, преподавателями - сотрудники института.

Научно-исследовательский институт скорой помощи им. И. И. Джанелидзе является крупным многопрофильным научным и лечебным учреждением города. Ежегодно в институте лечится около 40 тыс. больных с различными заболеваниями. Имеются отделения терапии, кардиологии, травматологии, неврологии, нейрохирургии, эндовидеохирургии, торакоабдоминальной хирургии, гинекологии, гипербарической оксигенации, лаборатория иммунологии, отделение лучевой диагностики, осуществляющее рентгеновскую (в т. ч. компьютерную томографию), ультразвуковую, радиоизотопную диагностику. Институт принимает на лечение больных ежедневно и круглосуточно.

Работа, проводимая научно-методическим отделом института (Л. О. Гарвин, Т. М. Короткова, А. Н. Кейер, Б. Г. Апанасенко, А. Н. Нагнибеда, В. Ф. Озеров), всегда способствовала тесному и согласованному взаимодействию со службой скорой помощи города. Для совершенствования работы различных медицинских учреждений города со скорой помощью в 2000 г. создан Координационный совет при Комитете здравоохранения Администрации Санкт-Петербурга, председателем которого является директор института, проф. С. Ф. Багненко.

В СПб НИИ скорой помощи им. И. И. Джанелидзе трудятся 575 средних медицинских работников, 308 врачей и 90 научных сотрудников. Среди них 33 д. м. н., 17 проф. и 52 к. н., 3 заслуженных деятеля науки РФ и 2 лауреата Государственной премии.

Сотрудниками института опубликовано 40 монографий, более 2600 работ в различных журналах и выпущено более 65 сборников научных трудов и трудов конференций.

Институт является базой первичной специализации по хирургии, терапии, анестезиологии и реаниматологии. В отделениях и центрах института базируются кафедры многих медицинских вузов Санкт-Петербурга (ВМедА, СПб ГМУ им. И. П. Павлова, СПб МАПО, СПб ГМА им. И. И. Мечникова). За последние годы активизировались и научные взаимосвязи института с зарубежными странами (Норвегия, Швеция).

В состав Ученого совета входят руководители подразделений, представители Комитета здравоохранения Администрации Санкт-Петербурга и Городской станции скорой помощи. Председатель Ученого совета – директор института. На заседаниях Совета обсуждаются планы научных исследований, отчеты о работе, проводятся научные дискуссии по проблемам, разрабатываемым институтом.