В состав университета входят Медицинский, Конотопский и Шосткинский институты; факультеты: экономики и менеджмента, электроники и информационных технологий, иностранной филологии и социальных коммуникаций, технических систем и энергоэффективных технологий, юридический; Конотопский политехнический и индустриально-педагогический техникумы; Сумской машиностроительный и Шосткинский химико-технологический колледжи, другие структурные подразделения.